北大先于清华。
1898年7月3日，光绪帝批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办京师大学堂，并任命吏部尚书、协办大学士孙家鼐为首任管理大学堂事务大臣（管学大臣），许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良任西学总教习。9月21日，慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。京师大学堂是北大的前身。
1900年6月，“八国联军”侵略中国。1901年9月，清政府被迫签订《辛丑条约》，赔偿白银4.5亿两，史称“庚子赔款”。1904年美国表示所得赔款“原属过多”，可用于“退款办学”。经中美双方多次商谈，于1908年确定退款办学相关事宜。
1909年7月，清政府外务部、学部会同设立游美学务处，附设游美肄业馆，专办派遣学生赴美留学一切事宜。
1909-1911年，游美学务处选送三批共180名学生赴美留学，其中包括梅贻琦、胡适、赵元任、竺可桢、胡刚复等。
1911年4月9日，清政府批准将游美肄业馆改名为清华学堂，并订立章程。4月29日，清华学堂在清华园开学。后改名清华大学。
